20 августа 1987 года по решению Амурского горисполкома на острове Сахалянь был создан Ботанический сад, которому передали теплицу школы № 2. Из-за ограниченной доступности на территории острова Сахалянь Ботаническому саду в 1991 году выделен участок площадью 107 га в районе озера Падали под питомник и дендрологический участок. В 1992 году начались посадки ценных и охраняемых растений Дальнего Востока на территории дендрологического участка (тис, микробиота, сосна корейская, можжевельник твердый, орех маньчжурский). В 1993 году на дендрологическом участке начались посадки интродуцентов.

В 2011 году территория лесопитомника и дендрологического участка официально получила статус филиала Ботанического сада. В июне 2012 года произошло разделение Ботанического сада на два учреждения. Амурскому дендрарию был передан земельный участок 107 га, а также коллекции ценных и охраняемых растений Дальнего Востока и интродуцентов. Директором назначен Геннадий Алексеевич Кузьминых.

В настоящее время это достопримечательность г. Амурска и один из главных туристических объектов города. Дендрарий ведет работы по сохранности уникальной флоры Дальнего Востока. Занимается сохранением ценных и охраняемых растений Дальнего Востока, созданием, сохранением и пополнением коллекции тропических и субтропических растений. Ведутся работы по акклиматизации и интродукции растений, выращиванию посадочного материала для озеленения и восстановление лесов. Проводятся различные мероприятия.